Genomic Feature

p2CH1CH2

ID
ZDB-ALT-180226-2
Name
p2CH1CH2
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one deletion (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
Mullins Laboratory
Current Source
Other Pages
Notes
No data available
Genome Browser
Variants
Variant Type
Small Deletion
Variant Location
Chr 19: 35192350 - 35210176 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
TAAGTGGCATTCTAAGTCGATCTCTCTCTTTTGTATTTTGTAATGCTATATTTATACCATAGTAATCTGCTAGGGTTTGTTCTGCTCTGGCTTTTTTGGGATTAATTATTATGATCTCCAAATTGCAACAGAAAAAAAACTGGGAAATCTCTGAAAACTGATGGCATTTCATGCGGTTCAGCCTTATAATCTGAGCAGAATCACCTGTTTGTCATCATTTTAGACATTATGCTAGAGAATCATTCAAATACTAGCGCTAAAGTGACGTTTGTGAAGTAGCAACAGTTTCTGCTGTTCTGACGGTCAGCTGCAGATGTGAAAGAACAGTTGAAACAACTGTTTCCTTGTACAAAAAGGTTTTCAGACTCTCCCTGTTTGATTATTTTTTATATACACGATTATGCCATCAAACATCTAAGGTGCATGCTAAACGGTCAAATACTTGCAAAAATGTGTAAAAAGCATTGCTTAGTCATTATTTAAACTAATCCTCTTTGTTATGTAATAAATTAATAAAGAGTTGAGAATAAAAAGCCAAGTGTAACCATAAATCCAAACAGTGCTCTATATTCCTGACTGTGTTTGTCATTATTAATCAAATAAAAGACAAAAATCACTCACTAATCTTACCTGAAAGACTTTTGTATGTTTAATAATAATAATTAAAATAAAAATAAAGCTTAAATCGTACTGGTAAGATGCTTAAAACTGTTTACTTTGATTGCATATTTTATTCTATTGTGTTTTTATGGTGTCCCATAAAACCCATTTGGCTTCAGTATTGAAAATTTAGAAATTTCAGGATCTATGAAATATATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATACATACATACATACATATATACATATTATATATAATCGTGATAATGATTTTTTTCATAATTGAGCAGACAGTGAGTGCACTCTGAAGTGATCGTACATGAGCTGCAATGCCTTCTCCACCCTCTGGGATCTTGGGGAAAGCGTCGTAGATGGAGGAGACGTACGTGATGACAGATTTCTCATCTGGTGACGGCACATCAACATCTAATGGAGGGAGAGCATTGAAAAATTGATAAGGTGATAAAATGGAGATTGGCAAATAATAATTCTCATATGTACGAAGAATGATAACTGGACATTAAAGACATTAATGGTACCTTCAGCATCCAGGAGTCGAGTCACCCCTAATGACTCGGCAATCTCAAAGGCCTGTTCAAGGTTCTCACGGTTACTCTGTTGCGCAACCACTTGCATGTCAATTAGGTCCGGCCTAAAAATGACATAAGATCATGAGTGTCAATGCCCTAATAGGTCAAACTTTATTTTGAAGGTCTGTTGGGTGAATTTAAGTTACATTGCATCTACATGCCAACTAATTTTTATTAGATTATAAGTAGACTGTCAAGTAGACTTGCGATGTTTCTTATAGTCAGTTGAAGAAGCAATATCAACAGACGTTAAGCAGATAGTCTACTCATACTCAAGTGGACCATCAAAATAGAGTGTTACCCCCTAATATACATATTTTCTTTTAAACTGGTCAATATACTTAAACGTGTGTGAACCTGTATCTGTGCAGAAGAGCGTTGAACAAGCGTCCATCGCTCCAGCTGGAGGAGAAATTGGTACAGCGTAGACCGGGGTAGCCCTCAGTGGCCTGTTGACTCCATATTAGCAGCTTCTCTTTCGCCGTGAGGTCACCTGACTCACCGCTCACATAGATCTCAGAGATCTGGGAAAAAGAAAAGGCTGTTATTGTATCTGAATGTCATCAAATGACTTAACTGAATATAAGGAAAGTGACCGGATCCGTGCACCAAAAAGGTTGAGCATTACTTCCTTGCAAATGTAAATTTTTAGGGTTATTCCATGTTTCTTTGACCCCAAGTACCAAATGAAACCATAGCAAGGTCATGAACCTTTCACTTATCATTTTCCTCGACTTTCACTCCCTCTTCCTCTAAAACAAAGAGAGTCAGTAACTGCAGTATCAGTCTGTGCCAGGCTCTAATCTGTATTCCTTTGTCATTCCTCTCATATGCCCCTATTCACATCCCTGCCTGCTTTTTTTCATGCAGCGCTAGCAAGGAATTCTTTAAATCCTGGCATGAATGCAGACAATTCTGAGAGCACAGACAAACGTGTGAGAAAATTACAGATTTTACAGATTAAGTCAATGCAGGCCGTGATTACCATGGTCAAAAATGGTGACATACAGAAGCCAAGATTGCCTCGGTCAAATCTGGAGACATACAGAAACAGAAAAGTAACCAGTCTGAGCCTCTTACTTTAAAGATGATTAAAAGGTGAAGGCAGAAGATTGCTAATGCTAGTCCAATCACCCAGGCTCTGAGCCATAAAAAACCCACCCAAACATTGCCTCTTTTTTTGGTATCACCATCAAACATGCTTAGCAAAAAATCATATTATTCTCAAGAGAAATCAACAAGGGCATGAGATATTAAATGTAGGTTTGACACCATGCTGTGTGTGTCATAAATACAGTGGGCATGTCATACTGTGACAGTGGTATTTTCATCACAATGTGGATGACTGAGTATGTGACCTTATAATAGCGTCAGGACTGCACCCTTAAACCCTCAAAGTCTAATTACATCACAGTTAACACTGAGCACATTACTGGCAGAGGAACGAACACTCCAATGTATGACTTAAAACTATTGTTATGCTAGCGTGACACCAAAGGCCAACTGTGCATAATAGAAGCTAATTAGGTAAAAAATAAAAAGTAATATCTGAGAAACCAAACAAAATCACGACAAAAGCAAAACAGTACAAGAGACTAAAATAAAACAATAAAAAATGCAAATCAACAATTCCACTATACTGGCAAATATTACAAATATATAATGTGATGAAATAGAAAGCAGGGAAAGCAAAAAATAAATATTCCTCCCCAACTGTTACGTGCCTGGGGATGTTGCTCTGTTGTTCCCTTTTCCCCTTCACATTTTTATTTGCTGTCGGCTGTCCTTTTAAAATCTTGGTGTTCCGATTGGCTCGCAGAGGGGGAGTCCCTGCTTGTCCCTGCTCTGTCTTTCTGACGTTTGTGCACCTGTCCTATTCCAGTTTTATTTAGTTGTACATTTATTCTGAACGTCCAAACCAAATCTGCTTAAAACTACTAAAAGGGAAGTAAAATATGTCATGTGACTTACATTTTACATACACGTAGCGAACCACTCTTTGCCACATCCATTGTCTGTGGCGATCCATAGTAGCTATAGTCTCAGGGGAATTAAAAAAATTGGGTTGTCATAATTATCTTTAGCCCTTTTCATCCTCCGAGCCACACGGAGTGTAACATAATTTGGGTGCTCGTCCGGGATCCTTCCTTAGCGTCAAGGAAGCCATATATATTTTTGGTAGCCCGTATTTTCCCCTGGGAGTAGCTGCTGTGACCCGACACAAACATTATGGAAATATTGAAGCTAGGTGAGTGTTACAAACTTTATAACCCTGTGTAGTTGGTTGTTAACATTAAGCTTTGTGATGTCTTCATTGGTGCTTCAGCTTATTGAGAATCCATCTTTGGATCTCATTGATACATTTCGTAAAGATGATTTGTCGGTAATAGCCTATCACCTCTCAGAGATCAAATCTCTGTTAATCGGCAGTTGGTAAAAGGAGAGATTAAAGCTGTGGTTTTGACTGGATTGGTGGAACAAAATGTTTTTAATTTGCCTGAAGTGGTTAGAGAAGCATCACAAAGACTTCTTTTAAAAGAAAGAAGCTATTGACTGTTTTATGTGTTTTTTCATGTATTCTTAGCCTCAGGTTGCACTTATTTTGCATTTCTTTAATATTTTTAATACATAACAGGAATTCTACCAAGGCGGGTGTTTTAGTAGACATCACTGAAACTGCATGGCCAAGCATGGACTGAAAATACTTAGGATTAAGCATCTAATAAACTAAATCCTGCAGACACACTATCAGAACATTTGTAACGAGGCCCTGAAATCTCTCTTCACCAGCCATAAATCTTTAGTGTGCAGGCAAATCACTAGGTAAGAGAGGGCAGGCAACAGACACAAATATGCTGCAATCTTACACTGGTGCTAAGAAAAAAAAAAATGATAAACAGCTGACAAAGTGTCTGCAAACATCACTTGTGTTCTTGTTTTTTGGCACTGCCAGGCCGTTTCACTCTAATTCAGAACCTAGAGCATCAGGAATGACAGGAAAGAGAGTGGGTGGTGTGAGGCTAGGGAAATAATGAGGAATGGAGGGAAGGAGGCAGACAGTGAGAGATGGTCTGGGTAGTACTGATTAGACTCTTGGGAGAAGGTCAGGAAGGATCTGCGGTGTTCAATGCTCAGCTGATTGGAGAAGAACAAGTCACAGAACTGATAGTACTGTAGAATTACAAAAACAAACGCAAAACACTCATTCATCTACACCCCAATACACAATACACACACAAATCTTGTCAGCTTTAATCTCTACCCTTGAATGCTACAAAAGTCACATGAAAGAGCTTTAGGCAGGCAGAGAGAAAAGAATCTGACCTGGGTGGTAGGCTGAGTCAATGTCTCTTGTGGCGAGATGGGACTCTCCAGAACCGAAGAATCAAGCACATCGGAGGAGCTCCCCCATTCAGTATGGACAGCTCCTCCTGTCTCAGGCGATGTAAGAGGCACATCGCTAGCATATCCTGAAGACTGAAGGTCTTGTGGTGGATGGCTAAAGCCTCCAACTACATGAGCAGAGCTGTCCAATAGGAACTCCTTCACTTTTTTTCCCTGAGCTGCAGCTGTTTCTGGTTTGGCAGAGTTGTTCTTCCCGGGTGGTCGTCCTTGAGCTGGGGACACTTGTACTTTCATAATGCCTTCTGTAACAGGAGATGCAGCTGGAGGTTCAGAATGGACCTCAAGTACCTTGTCACGCCAGACGGGCGATCCATAG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Variant Notes
Macf1a-CH1-CH2 domains are deleted.
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
17800 bp deleted (1)
Transcript Consequence
Exon Loss of Exon 4 (1)
Protein Consequence
None
Sequences
Flanking Sequence
CATGACTTTTGAAATATAGAACATGAATTTATACAACAGTTCTGTCTGGTTCTTGAATTTGATTAGCTGTTAGCAGTGAGAAATATGAAGGAATATCAGCATTCATACAGCCTCTTCACCACTGTGTATTACTCCTCCCACACGAGAATTACAGTTTGACAAACATTGCAGCTGTTGGACAACATAATGTACTTTTGAGACTTTTTTCAGACGAGATTGTAGTTGTTTAGATTGCAACTATGCAGTTTATTTATAAGCATATTGCCTATTTTAAATATTCATCATTTTGGAGATTCGCCCATACTGAGCAGAGCAAAGACGGTATAATAATAACGTCCTTAAGAGACGTTAATAATACATAATACATAATAATAATAATAATAATAATTATAATACAGAATACATAATAAGTCCTTAAGAGAGAAAAAACAGCATTTTTTCAGAGTACGTTTCAAACTACAGCTGAACAAATCATTGCAGATGGTACAGATGGCCACAGG
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